ST最后一起最大的难案拉开了帷幕。天才黑客引发囚犯越狱。但是，犯人镝木徹（中山裕介）被焚烧的尸体被人发现。警视厅科学特搜班ST的队长赤城左门作为嫌犯被逮捕。赤城认罪，称杀人的理由是“镝木做了让他难以原谅的事”。难以原谅的事到底是什么？还没弄清这句话真正的意思，没了队长的ST就被闭幕了。。。但是，赤城从拘留所逃跑了。警方为了追捕赤城，召集了青山、结城、黑崎、山吹，也就是ST的队员们。为了逮捕赤城，特别复活ST实在是讽刺。一瞬间，最棒的团队成了最大的敌人。赤城vsST的逃跑剧开始了。两天后要调走的ST的责任人百合根友久也相信赤城的清白，加入了搜查，寻找案子的关键。关键就是可以从感染的电脑中窃取情报的电脑表露病毒“福金”。随后找到知道事情本相的谜一样的女人堂岛菜绪美（安达佑实），但有人捷足先登绑架了她。百合根决定和菜绪美留下的女儿椿（铃木梨央）一起行动。此时，赤城出现了。。。在警察布下的包抄网中，二人开始一起调查案子的本相。百合根能否知道赤城的本相？然后，错综复杂的难案的所有谜题会被解开吗。。。！？